新中国成立后，党和政府十分重视沙漠治理工作，于1959年3月5日成立了中国科学院治沙队。4月3日，中国科学院治沙队在民勤县城召开会议，宣布在民勤县薛佰乡沙山堡建立甘肃省民勤治沙综合试验站，县级建制，隶属中国科学院治沙队，当时在民勤沙井子防沙林试验场借址办公，民勤县县长赵巨英兼任站长，1960年由民勤沙井子迁到现址。

    1980年3月4日甘肃省编委（1980）023号和甘肃省农委（1980）017号文件批复在武威成立甘肃省治沙研究所，县级建制，隶属甘肃省林业厅，与民勤治沙综合试验站一套班子，两个牌子。甘肃省治沙研究所的主要任务是面向甘肃沙区，研究和推广防治风沙危害和控制土地荒漠化的技术措施，探索荒漠区资源保护和开发利用的途径，为甘肃沙漠的综合治理乃至沙区农、林、牧业的持续发展提供强有力的科技支撑。

    经过40年的发展，研究所已建设成为我国在荒漠化防治与沙区资源保护和利用技术研究领域具重要影响的专业研究机构。